Livres, auteur:

La négation en français, Droz, Genève, 1991.

La subordination en français, Armand Colin, Paris, 1996.

Les bases de la syntaxe, Presses Universitaires, Bordeaux, 2002. 2e édition: 2008.

Indéfinis et partitifs en français, Presses Universitaires de Bordeaux, 2019.

Livres, éditeur et coéditeur (principales publications)

De la syntaxe à la pragmatique, Benjamins, Amsterdam, 1984 (Pierre Attal et Claude Muller, éd.).

Dépendance et intégration syntaxique, Niemeyer, Tübingen, 1996 (Claude Muller, éd.)

L’emprise du sens, Rodopi, Amsterdam, 1999 (Marc Plénat, Michel Aurnague, Anne Condamine, Jean-Pierre Maurel, Christian Molinier, Claude Muller, éd.).

Clitiques et cliticisation, Honoré Champion, Paris, 2001 (Claude Muller, Paulo de Carvalho, Laurence Labrune, Frédéric Lambert, Katja Ploog, éd.).

INTEX, pour la linguistique et le traitement automatique des langues, Presses Universitaires de Franche-Comté, Besançon, 2004 (Claude Muller, Jean Royauté, Max Silberztein, éd.).

Problèmes de sémantique et de syntaxe, Hommage à André Rousseau, Travaux et recherches, Editions du Conseil Scientifique de l’Université Charles-de-Gaulle-Lille 3, 2007 (Louis Bégioni et Claude Muller éds.).

Pierre Motin, Oeuvres poétiques, Claude Muller avec la collaboration de Catherine Magnien-Simonin, mai 2023, Honoré Champion, coll. Sources classiques.